Seit der Klosteraufhebung von 1841 befinden sich die Archivalien des Klosters Muri an verschiedenen Standorten. Der grösste Teil des Archives wurde ins Staatsarchiv Aargau überführt. Was die Mönche damals mitnehmen konnten, befindet sich heute im Benediktinerkollegium in Sarnen und im Kloster Muri-Gries in Gries. Dieses Archivverzeichnis soll einen Überblick über alle Archivbestände des Klosters Muri und des Klosters Muri-Gries ermöglichen.

Für die Materialien im Staatsarchiv Aargau ist immer noch das Verzeichnis von Walther Merz (1935) ausschlaggebend.

Bestände im Benediktinerkollegium Sarnen:

• Altes Archiv 1 (Kiem)
• Altes Archiv 2 (Merz)
• Verwaltungsarchiv des Benediktinerkollegiums Sarnen
• Nachlässe
• Schenkungen und Sammlungen
• Handschriften Sarnen

Bestände im Kloster Muri-Gries in Gries:

• Verwaltungsarchiv des Klosters Muri-Gries in Gries
• Nachlässe
• Schenkungen und Sammlungen
• Handschriften Gries

Bestände im Archiv und Bibliothek Kloster Hermetschwil:

• Handschriften Hermetschwil

Bestände nicht im Stiftsarchiv Muri-Gries:

• Handschriften nicht im Stiftsarchiv Muri-Gries